《黃帝內(nèi)經(jīng)》在主流社會(huì)認(rèn)為是現(xiàn)存最早中醫(yī)理論著作，對(duì)后世中醫(yī)學(xué)理論的奠定有深遠(yuǎn)的影響。此書相傳是黃帝與岐伯、雷公、伯高、俞跗、少師、鬼臾區(qū)、少俞等多位大臣討論醫(yī)學(xué)的記述，在四庫全書中為子部醫(yī)家類。

《黃帝內(nèi)經(jīng)》（簡(jiǎn)稱《內(nèi)經(jīng)》）成書約于戰(zhàn)國(guó)至秦漢時(shí)期，在東漢至隋唐時(shí)期仍繼續(xù)修訂和補(bǔ)充。《內(nèi)經(jīng)》包括《素問》和《靈樞》兩部分，共18卷162篇。該書不僅奠定了中醫(yī)學(xué)理論基礎(chǔ)，也是中醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐等方面發(fā)展的基石。

西漢漢成帝時(shí)，劉向等人曾大規(guī)模校理古籍，李柱國(guó)則負(fù)責(zé)校理方伎，原書目先載于劉向《別錄》，后載于其子劉歆《七略》，今二書已佚，但其目錄內(nèi)容被東漢班固引錄于《漢書》〈藝文志〉中，后世仍可以推見其原貌。《漢書·藝文志·方技略》載有醫(yī)經(jīng)、經(jīng)方、神仙和房中四種中醫(yī)典籍。其中醫(yī)經(jīng)有：《黃帝內(nèi)經(jīng)》十八卷，《外經(jīng)》三十七卷；《扁鵲內(nèi)經(jīng)》九卷，《外經(jīng)》十二卷；《白氏內(nèi)經(jīng)》三十八卷，《外經(jīng)》三十六卷，《旁篇》二十五卷。這是歷史上對(duì)《黃帝內(nèi)經(jīng)》最早的記錄，學(xué)者認(rèn)為《黃帝內(nèi)經(jīng)》的編著及命名很可能是成自劉向之手。

在南北朝的時(shí)候，《黃帝內(nèi)經(jīng)》已經(jīng)因傳抄及戰(zhàn)亂而散失，分成《素問》及《針經(jīng)》兩種版本，分別流傳。最早對(duì)內(nèi)經(jīng)進(jìn)行整理的學(xué)者，是晉朝的皇甫謐，他根據(jù)《素問》、《針經(jīng)》及《明堂孔穴》，編著成《黃帝三部鍼灸甲乙經(jīng)》一書。在《甲乙經(jīng)》序中，他說：“按《七略》、《藝文志》，《黃帝內(nèi)經(jīng)》十八卷，今有《針經(jīng)》九卷，《素問》九卷，二九十八卷，即內(nèi)經(jīng)也，亦有所亡失。”

南北朝時(shí)出現(xiàn)了第一本為《素問》作校注的書，作者為全元起。全元起校注的《素問》本，北宋時(shí)尚存，以后便散失不見了。今從林億等所校訂的《重廣補(bǔ)注黃帝內(nèi)經(jīng)素問》中，尚可看到全元起編排的卷目次第和少量注文。

唐初楊上善將《靈樞》、《素問》的條文，根據(jù)內(nèi)容重新分類，編次成《黃帝內(nèi)經(jīng)太素》三十卷。此書雖然早于王冰，但流傳不廣，對(duì)于后世的影響較小，在宋朝時(shí)已經(jīng)失傳。

《隋書·經(jīng)籍志》中記載有黃帝素問九卷，梁八卷；黃帝鍼經(jīng)九卷。這個(gè)版本應(yīng)該就是全元起及楊上善所采用的底本，其中有許多重復(fù)及錯(cuò)誤難解的地方，因此并沒有吸引很多醫(yī)家對(duì)它進(jìn)行深入研究，在王冰本出現(xiàn)之后，就被取代了。

對(duì)后世影響最大的內(nèi)經(jīng)版本，首推唐代王冰注釋的《黃帝內(nèi)經(jīng)素問》。王冰深入研究《素問》，對(duì)當(dāng)時(shí)通行的版本提出批評(píng)[2]并決心進(jìn)行整理，耗時(shí)十二年，在唐朝寶應(yīng)年間完成出版。王冰以其師的“張公秘本”作為藍(lán)本，補(bǔ)入原本失傳的七卷，并參校其它流傳版本的《素問》加以整理、注釋、編排次序，完成二十四卷的巨著。王冰將原來的內(nèi)容用黑筆來寫，他加上的注釋用紅筆來寫，以區(qū)分原文與注釋之別。但在后來百年的傳抄之下，紅字又被寫成黑色，何處為王冰注釋，又難以區(qū)分了。王冰補(bǔ)入第七卷的七篇大論－《天元紀(jì)大論》、《五運(yùn)行大論》、《五常政大論》、《六微旨大論》、《六元正紀(jì)大論》、《氣交變大論》、《至真要大論》是運(yùn)氣學(xué)說的主要依據(jù)。

王冰版的素問，后經(jīng)北宋林億等重新校著后，稱為《重廣補(bǔ)注黃帝內(nèi)經(jīng)素問》（又稱《新校正》本），成為最完整的《素問》善本，也是官方考試的依據(jù)?，F(xiàn)今流傳的《黃帝內(nèi)經(jīng)》就是這個(gè)版本，金元明清的醫(yī)。家，注解內(nèi)經(jīng)時(shí)，也都采用這個(gè)版本。

內(nèi)經(jīng)“刺法論篇第七十二”和“本病論篇第七十三”兩篇，在王冰注釋時(shí)已經(jīng)失傳。北宋林億校正《素問》時(shí)，曾提及當(dāng)時(shí)有《素問亡篇》的流傳，劉溫舒《素問入式運(yùn)氣論奧》中附有此兩篇原文，署為《素問遺篇》。后世大多認(rèn)為出自唐宋間人偽托。